Ates è dotata di un’organizzazione mediamente strutturata, che annovera al suo interno tre aree di attività:
La dotazione organica è costituita da un Direttore Tecnico e da 21 dipendenti, tutti a tempo indeterminato, di cui tre amministrativi, cinque tecnici ed un legale, oltre a tre operai edili, due elettricisti e sette idraulici tutti addetti alla conduzione ed alla manutenzione degli impianti presso i Comuni Soci.
A partire dal maggio 2020, Ates si avvale di due risorse in regime di somministrazione a tempo determinato.
La struttura organizzativa interna è così composta: